カスタム概要
パチンコとある科学の超電磁砲（レールガン）2では、前作と同様カスタム機能が搭載されています！
通常時は主にキャラクターカスタムとLEVEL5カスタムの2つをそれぞれ設定することができ、キャラクターカスタムは主に演出バランスの変化、LEVEL5カスタムは期待度UP演出のバランスを変更することができます！
キャラクターカスタム
| キャラクターカスタム概要 | |
| カスタム | 内容 |
| デフォルト | デフォルトのバランス |
| 佐天涙子 「先読みカットモード」 |
先読み予告が発生しない |
| 上条当麻 「先読み激アツモード」 |
先読み予告の出現率大幅減少＆信頼度大幅上昇 （大当り時の約50%で先読み予告） |
| 白井黒子 「先ローリングモード」 |
先ローリング予告の信頼度を20%・40%・70%・99%から選択 |
| 湾内・泡浮 「入賞時ボイスモード」 |
入賞時にキャラボイスが発生すればチャンス |
| 初春飾利 「プレミアムモード」 |
プレミアム予告の出現率大幅上昇 画面左下の佐天が水をまいて花が咲けば大当たり！？ |
| 婚后光子 「ラッキーエアーモード」 |
ラッキーエアー予告の出現率大幅上昇 |
| 黒子変態 「全7つのモード」 |
極端にバランスが変わる全7モードを選択可能 |
黒子変態モード
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黒子変態モード概要 |
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| カスタム | 内容 |
| 変態の消失 「先読みカットモード」 |
先読み予告が発生しない 当該変動のテンパイまでの予告の出現率減少 |
| 激アツの変態 「先読み激アツモード」 |
先読み予告の出現率大幅減少＆信頼度99% （大当り時の約75%で先読み予告） |
| 変態先読み好機 「先読みチャンスモード」 |
先読み予告の出現率減少＆信頼度約70% |
| 変態お姉様フラッシュ 「黒子フラッシュ&先ローリングモード」 |
演出に黒子フラッシュ＆先ローリング予告を追加 信頼度:紫＜ピンク＜赤＜金 |
| 変態の囁き 「入賞時ボイスモード」 |
入賞時に黒子の変態ボイスが発生すればチャンス |
| 変態の祝福 「プレミアムモード」 |
黒子変態プレミアム予告の出現率大幅上昇 |
| 変態の吐息 「ラッキーエアーモード」 |
ラッキーエアー予告（黒子のボイス付き）の出現率大幅UP |
LEVEL5カスタム
| LEVEL5カスタム概要 | |
| カスタム | 内容 |
| 御坂美琴 バランスモード |
デフォルトのバランス |
| 一方通行(アクセラレータ) 「変動開始時重視モード」 |
変動開始時、一方通行（アクセラレータ）フラッシュの 出現率大幅上昇 |
| 食蜂操祈 「尻上がり重視モード」 |
変動の後半に信頼度の高い演出が発生しやすい |
